Gioca nei panni di Ryo Hazuki, un artista marziale giapponese di 18 anni determinato a vendicare la morte del padre.

In questo terzo capitolo dell'epica saga di Shenmue, Ryo cerca di risolvere il mistero che si cela dietro lo Specchio della Fenice, un manufatto ricercato dall'assassino di suo padre. Il suo viaggio lo porterà a immergersi nei meandri della Cina rurale, pullulante di attività e circondata da paesaggi meravigliosi.

L'avventura di Ryo lo porterà in città e villaggi di montagna dove potrà perfezionare il suo allenamento, misurarsi nel gioco d’azzardo e negli arcade, e accettare lavoretti part-time mentre indaga su chi conosce la verità sullo Specchio della Fenice.